В первую очередь создайте агентство недвижимости с типом юр. лицо через меню
Контакты -> Добавить контакт.
Обязательно укажите роль контакта Агентство недвижимости:

Далее создайте контакт агента с типом физ. лицо и присвойте ему роль Агент.
И укажите, в каком агентстве он работает:

В дальнейшем этого агента можно будет указывать в Заявке как агента, и будет видно из какого он агентства:

Дополнение для обладателей Агентского кабинета:
Для отображения агентства в Агентском кабинете, а также для регистрации агентов, в карточке контактов Агентов и Агентств нужно дополнительно указать роль Аккредитован:

